Dairy Sci. Technol. 88 (2008) 457-466
DOI: 10.1051/dst:2008014

Naturally occurring genetic markers in lactobacilli and their use to verify the authenticity of Swiss Emmental PDO cheese

Michael G. Casey, Dino Isolini, Rudolf Amrein, Daniel Wechsler and Hélène Berthoud

Agroscope Liebefeld-Posieux Research Station ALP, Berne, Switzerland

Published online: 1 October 2008

Abstract - A general method for the detection and identification of specific strains of bacteria is described. The assay is based on the observation that insertion sequences (IS) in different strains of bacteria occur at diverse loci on the bacterial genome. Exclusive PCR primers can be selected for a particular strain where one of the primers is specific for a particular IS element and the other is specific for the adjacent DNA sequence in the genome. Only bacterial strains containing the IS element at the particular point on the genome will yield an amplicon of the expected size after PCR. We have illustrated this method by selecting primers to detect some lactobacilli strains that are used exclusively in the manufacture of Swiss Emmental cheese. Using this method we were able to differentiate cheeses manufactured in Switzerland from those made in other European countries.

Résumé - Marqueurs génétiques naturellement présents chez les lactobacilles et leur utilisation pour vérifier l'authenticité du fromage Emmental suisse AOC
Une méthode générale pour la détection et l'identification spécifique de souches bactériennes est décrite. Elle est basée sur l'observation que les séquences d'insertion (IS) sont présentes à divers endroits sur le génome bactérien. Des amorces PCR spécifiques à une souche peuvent être conçues, l'une étant située sur un élément IS et l'autre sur la séquence ADN adjacente. Seules les souches avec l'élément IS à cet endroit particulier du génome donneront un produit d'amplification de la taille attendue après PCR. Cette méthode est illustrée ici par des paires d'amorces permettant de détecter spécifiquement des souches de lactobacilles utilisées exclusivement dans la fabrication de l'Emmental suisse. Ainsi, nous avons pu différencier les fromages fabriqués en Suisse des fromages provenant d'autres pays européens.

Key words: transposase /  insertion sequence /  strain-specific PCR /  lactic acid bacteria

Mots clés : transposase /  séquence d'insertion /  PCR souche-spécifique /   bactérie lactique

Corresponding author: helene.berthoud@alp.admin.ch

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